كان نظام الدراسة في الكلية هو النظام السنوي (خمس سنوات) , ومنذ العام 2012-2013 سعت كلية الصيدلة الى تحديث المناهج وتطبيق النظام الفصلي لما فيه مصلحة الطالب واسوة بالأنظمة المعمول بها في معظم كليات الصيدلة في الوطن العربي والعالم التي تعتمد على النظام الفصلي ولكي تتوحد كلية الصيدلة بجامعة صنعاء الكلية الأم مع بقية كليات الصيدلة بالجمهورية اليمنية الحكومية والخاصة , وفعلاً لقد تمت الموافقة من قبل مجلس جامعة صنعاء على تطوير مناهج كلية الصيدلة وكذا اعتماد النظام الفصلي بدلا من النظام السنوي في 28/4/2013م.
ويتكون النظام الفصلي من عشرة فصول دراسية على مدى خمس سنوات يتم منح الطالب درجة البكالوريوس في العلوم الصيدلانية بعد اجتيازه لكل الامتحانات ومتطلبات التخرج .